Steuerungsgruppen (Steering Groups) sind beratende Gremien, die den Schwerpunktbereichskoordinatoren zuarbeiten sollen. In der Regel gibt es pro Schwerpunktbereich eine Steuerungsgruppe, die sich aus Personen mit Fachwissen aus den Verwaltungen, Nichtergierungsorganisationen, wissenschaftlichen Einrichtungen aller 14 Donauraum-Staaten zusammensetzt. Ein transparentes Verfahren, wie diese Personen in die Steuerungsgruppen berufen werden, gibt es nicht. Zumindest ist dieses nirgends veröffentlicht.
Wie oft diese Gruppen tagen, was genau sie für die Schwerpunktbereichsarbeit leisten, ob sie sich noch einmal unterteilen und wie mit den Ergebnissen ihrer Arbeit verfahren wird, ist von Schwerpunktbereich zu Schwerpunktbereich unterschiedlich. Ein Teil der von der EU als „technische Unterstützung“ für die EU-Strategie für den Donauraum zur Verfügung gestellten Mittel werden für die Deckung der Reise-, Unterkunfts- und Tagungskosten der Steuerungsgruppen verwendet.